1.物流企业基础设施不配套，自动化网络化程度低；2.物流管理分散，整体效益较差。长期以来，我国物流行业管理一直沿袭计划经济体制的模式，使原本一个系统资源的物流业的管理权限被分别划归若干个部门；3.物流发展的专业化程度不高；4.物流企业规模小，整体物流规划不够理想；5.物流专业人才缺乏。当前我国在物流人才的教育和培养上比较缓慢，市场上符合要求的物流人才较少，并且层次较低，物流专业人才缺乏；6.过路费、过桥费过高。据相关数据显示，全世界收费公路14万公里，其中有10万公里在中国，占全世界70%.对于物流业而言，路桥费直接占到物流企业总成本的三分之一，路桥费的提高势必会造成物流成本的增加，从而影响物流企业的发展。
促进物流业健康发展的有效途径：1.要切实减轻物流企业税收负担。完善物流企业营业税差额纳税试点办法，扩大试点范围，尽快全面推广。研究解决仓储、配送和货运代理等环节与运输环节营业税税率不统一问题。完善大宗商品仓储设施用地的土地使用税政策。2.要加大对物流业的土地政策支持力度。科学制定物流园区发展规划，对纳入规划的物流园区用地给予重点保障。支持将工业企业旧厂房、仓库和存量土地资源用于发展物流业。3.要促进物流车辆便利通行。降低过路过桥收费，大力推行不停车收费系统。加强城市配送管理，解决城市中转配送难、配送货车停靠难等问题。4.要改进对物流企业的管理。放宽对物流企业资质的行政许可和审批条件，逐步减少行政审批，提高审批效率。5.要鼓励整合物流设施资源。支持大型优势物流企业对分散的物流设施资源进行整合，鼓励中小物流企业加强联盟合作。引导行业系统内的仓储和运输设施开展社会化物流服务，支持商贸流通企业发展共同配送。6.要推进物流技术创新和应用。加强物流新技术自主研发，加快先进物流设备研制，制定和推广物流标准，适时启动物联网的应用示范。推进物流信息资源开放共享。7.要加大对物流业的投入。各级政府要加大对物流基础设施的投资扶持力度，积极引导银行业金融机构加大对物流企业的信贷支持力度，拓宽融资渠道。8.促进农产品物流业发展。大力发展农超对接、农校对接、农企对接。完善农产品增值税政策，鼓励大型企业从事农产品物流业。加快建立主要品种和重点地区的冷链物流体系。加大对农产品批发市场、农贸市场的政府投入和政策扶持力度。严格执行鲜活农产品“绿色通道”政策和配送车辆24小时进城通行、便利停靠政策。加快发展粮食和棉花现代物流。
现代物流产业是融合运输业、仓储业和信息业等的复合型服务产业，已经成为我国国民经济发展的动脉和基础产业。现代物流产业的发展，既是社会分工的必然结果和市场经济的必然要求，也是贯彻落实科学发展观和转变经济发展方式的重要内容，对于提高我国经济运行质量和效益，增强综合国力都有着非常重要的作用。我国现代物流产业发展已经取得了显着成就，但是其未来发展仍面临诸多深层挑战。因此，必须明确我国物流业在理论和实践方面的发展现状，从实际出发，逐步解决问题，为物流业的进一步发展打好基础。
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