在现行税收征管制度下，物流业务每分包一次或在不同分支机构之间转运一次，就要开一次票。再加上自开票资格限制和抵扣凭证等问题，使企业存在着事实上的营业税重复纳税问题。
2005年开始实施的物流企业营业税差额纳税试点，就是为了解决物流行业重复征税、负担较重的难题，至今已有7批、934家企业纳入试点范围。中国物流与采购联合会近日发布的调查报告指出，营业税差额纳税试点工作取得明显效果，营业税差额纳税试点企业平均减少纳税额372万元。这使试点物流企业的税负大大降低，激发了其发展活力。
今年的《政府工作报告》提出要扩大物流企业营业税差额纳税试点范围，但是扩大试点面临一些问题：首先是物流企业的认定问题。由于物流是新行业，目前采取了个别认定的目录管理方式。经过行业协会推荐，组织专家认定。按照《物流企业分类与评估指标》国家标准，经各级评估机构评估认定的A级物流企业，尚未列入必备条件。其次是试点企业营业税实际纳税额要求偏高的问题。按照现行认定办法，物流企业上一年缴纳营业税及其附加不低于100万元。从这几年执行情况看，这一门槛相对较高，特别是中西部地区许多物流企业达不到这一标准。第三，还有自开票纳税人的资格问题。按照现行政策规定，试点企业必须具备自开票纳税人资格；自开票纳税资格的认定，必须具有自备车辆。这就把许多物流企业，特别是仓储型物流企业挡在试点门外。
另外，有些地方对自有车辆的最小总运载量作出限制，使一些有一定自有车辆的企业由于总运载量达不到要求而不能取得自开票资格；取得自开票资格的，有的地方不考虑运输业务一票到底、分段运输、统一收取价款后再支付给分包单位的特点，根据自有运力限制开票额度；有的地方不管企业的客户数量，限制每月的开票张数。这些现象的存在，越来越背离物流企业整合社会资源的需要，也限制了物流企业的发展，还增加了税收监管工作的难度。
该如何推进物流企业营业税差额纳税试点扩大？业内专家认为，一是要放宽物流企业认定。凡是按照国家标准评估认定的A级物流企业，自动纳入税收试点企业范围。集团型物流企业取得A级物流企业资质，下属分、子、控股公司即可适用差额纳税政策。二是放宽自开票纳税人资格的限制。鼓励物流企业对社会资源进行整合，对租赁达到一定期限的社会车辆也可认定为自有车辆。总部取得自开票资格，分支机构自动认定为自开票纳税人。三是放宽试点企业纳税额限制。将上一年缴纳营业税及其附加不低于100万元的标准，降低为50万元。中西部地区物流企业可以在此基础上，再降低30%左右。四是进一步研究完善和扩大税收试点的办法。明确试点企业所属企业的范围。界定仓储业务差额纳税的内涵。推行个体车辆税收代扣代缴制度。尽快研究解决仓储、配送和货运代理等环节与运输环节营业税税率不统一的问题。
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